Ci-dessous, une liste non exhaustive des outils logiciels pour l'algorithmique dans le nouveau programme de seconde :

 

AlgoBox : AlgoBox est un logiciel libre, multi-plateforme et gratuit d'aide à l'élaboration et à l'exécution d'algorithmes dans l'esprit du nouveau programme de seconde : http://www.xm1math.net/algobox/index.html

Python : Logiciel de programmation qui dispose de nombreuses bibliothéques,  il y a une distribution complète et assez simple à installer, Pythonxy : http://www.pythonxy.com/foreword_fr.php
c'est une distribution pour les scientifiques, avec laquelle on peut tout faire, du plus simple au plus compliqué, la version light convient pour une utilisation au lycée.
Liens : http://python.developpez.com/cours/TutoSwinnen/  (un cours python complet) http://python.developpez.com/cours/DiveIntoPython/   

Small Basic  de Microsoft , logiciel gratuit sorti en avril 2009, qui parait simple et adapté aux débutants.
http://www.01net.com/telecharger/windows/Programmation/creation/fiches/46159.html (téléchargement)
http://www.calmette.net/dotmath/index.php?category/Algorithmique (quelques exemples d'utilisation)

Execalgo : Ce logiciel était prévu pour l'option Mathématiques en Première L et la spécialité mathematiqus en Terminale L  : http://ldif.education.gouv.fr/wws/d_read/eduscol.maths-l/Document%20acc…

Scratch :  http://www.framasoft.net/article4507.html
L'interface le destine plutôt aux élèves de primaire ou à la rigueur de collèges. 

Autres : ce sont des logiciels généralistes disposant d'un langage de programmation. 
Scilab : http://www.scilab.org/download/ 
Xcas : http://www-fourier.ujf-grenoble.fr/~parisse/giac_fr.html

Quelques adresses :
http://histoiredechiffres.free.fr/formation/algorithmique/sommaire.htm
http://www.siteduzero.com/tutoriel-2-217-algorithmique.html
http://lwh.free.fr/