Le système éducatif a pour objectif de faire réussir chacun et chacune, fille ou garçon, de la maternelle à l’enseignement supérieur. Cette réussite implique que les valeurs humanistes d’égalité et de respect entre les femmes et les hommes, les filles et les garçons, soient transmises et comprises dès le plus jeune âge. Ces valeurs sont inscrites dans la Constitution et dans les textes internationaux ratifiés par la France comme la Convention des Nations Unies sur « l’élimination de toutes les formes de discriminations à l’égard des femmes ».
La mission égalité Filles/Garçons a donc pour but de promouvoir l'égalité entre les filles et les garçons et les hommes et les femmes dans le système éducatif.